Мы продаем неисключительные права на ПО по лицензионным соглашениям. Данные операции освобождаются от НДС. В связи с вступлением в силу с 01.01.2014 года ФЗ 420 от 28.12.2013 г. мы имеем право не выписывать счета/фактуры на данные операции, не вносить их в книги продаж.

Так ли это, это право или запрет? Если покупатель потребует у нас счет/фактуру (клиенты в основном банковские организации), имеем ли мы право сослаться на данный ФЗ?

Согласно изменениям, внесенным в НК РФ Федеральным законом от 28.12.2013 N 420-ФЗ п. 3 ст. 1689 НК РФ теперь звучит следующим образом:
"Налогоплательщик обязан составить счет-фактуру, вести журналы учета полученных и выставленных счетов-фактур, книги покупок и книги продаж:
1) при совершении операций, признаваемых объектом налогообложения в соответствии с настоящей главой, за исключением операций, не подлежащих налогообложению (освобождаемых от налогообложения) в соответствии со статьей 149 настоящего Кодекса.
Согласно пп.26 п.1 ст. 149 не подлежит налогообложению (освобождается от налогообложения) предоставление исключительных прав на изобретения, полезные модели, промышленные образцы, программы для электронных вычислительных машин, базы данных, топологии интегральных микросхем, секреты производства (ноу-хау), а также прав на использование указанных результатов интеллектуальной деятельности на основании лицензионного договора.
Следовательно, вы не обязаны составлять счет-фактуру и включать ее в книгу продаж при реализации неисключительных прав на ПО на основании лицензионных соглашений.
При этом, прямого запрета на составление счета/фактуры с указанием, что данная реализация не облагается НДС, Налоговый Кодекс не содержит. Если ваш контрагент очень настаивает на предоставлении ему такого с/фактуры, а ссылки на нормы Налогового Кодекса его не убеждают, думаю, что составление такого с/фактуры не будет являться нарушением.