Если организация применяет УСН и заключает агентский договор по которому она реализует продукцию Принципала, нужно ли выставлять Принципалу счета-фактуры и вести книги продаж/покупок? А платить НДС в бюджет?

По агентскому договору в соответствии с п. 1 ст. 1005 ГК РФ одна сторона (Агент) обязуется за вознаграждение совершать по поручению другой стороны (Принципала) юридические и иные действия от своего имени, но за счет принципала либо от имени и за счет принципала. По сделке, совершенной агентом с третьим лицом от своего имени и за счет принципала, приобретает права и становится обязанным агент, хотя бы принципал и был назван в сделке или вступил с третьим лицом в непосредственные отношения по исполнению сделки.

Таким образом, независимо от того, действует Агент в отношениях с покупателями от своего имени или от имени Принципала, он совершает действия за счет принципала. Право собственности на реализуемый товар (работу, услугу) агенту не принадлежит.

Объектом налогообложения по НДС является реализация товаров (работ, услуг) на территории РФ (пп. 1 п. 1 ст. 146 НК РФ). При этом реализацией считается переход права собственности на товары (работы, услуги) (п. 1 ст. 39 НК РФ). Следовательно, при реализации Агентом товаров (работ, услуг) Принципала право собственности на них переходит от принципала к покупателю. А поскольку Принципал, применяющий ОСН (общую систему налогообложения), является плательщиком НДС, Агент по операциям реализации товаров (работ, услуг) такого принципала должен исчислять НДС. Поскольку организация-агент, применяющая УСН (упрощенную систему налогообложения), при продаже имущества от своего имени действует в интересах принципала, который является плательщиком НДС, она обязана по таким операциям выставлять покупателю (перевыставлять принципалу) соответствующие счета-фактуры (п. 1 ст. 168, п. 1 ст. 169 НК РФ).

При этом обязанность уплачивать НДС и сдавать декларации по НДС у посредника (Агента) не возникает (Письма Минфина России от 12.05.2011 N 03-07-09/11, от 28.04.2010 N 03-11-11/123, п. 3 Письма ФНС России от 04.02.2010 N ШС-22-3/85@)).

Также, если организация - Агент применяет УСН и не является плательщиком НДС (п. 2 ст. 346.11 НК РФ), при реализации посреднических услуг организация-агент не предъявляет принципалу НДС в сумме агентского вознаграждения и не выставляет соответствующий счет-фактуру (пп. 1 п. 3 ст. 169 НК РФ, Письмо Минфина России от 28.12.2011 N 02-11-00/6027).

Т.о., Агенты, применяющие УСН и осуществляющие реализацию товаров (работ, услуг) от своего имени, должны выставлять счета-фактуры от своего имени на имя покупателей, а копии этих счетов-фактур передавать комитентам (принципалам). В качестве особенностей составления таких счетов-фактур отмечается: в строках 2, 2а, 2б счетов-фактур, выставленных покупателю, агент указывает реквизиты  своей компании (Письма Минфина от 19.10.2015 N 03-07-14/59665, от 27.07.2012 N 03-07-09/92, ФНС от 05.08.2013 N ЕД-4-3/14103@). Остальные строки и графы заполняются в общем порядке. Принципал на основании этих счетов-фактур выписывает Агенту  точно такие же счета-фактуры, но уже от своего имени.

Посредник - "упрощенец" регистрирует реквизиты счетов-фактур, выставленных покупателям, а также полученных от принципала (комитента), в своем журнале учета полученных и выставленных счетов-фактур (п. 1 Правил ведения журнала учета полученных и выставленных счетов-фактур, применяемых при расчетах по налогу на добавленную стоимость, утвержденных Постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 N 1137). При этом книгу покупок и книгу продаж посредник, применяющий УСН, не ведет, т.к. он сам плательщиком НДС не является.